Las cosas le empezaron a ir mucho mejor en la nueva campaña; debutó en la primera jornada de liga como titular, y desde ese momento se hizo dueño absoluto del lateral izquierdo (a pesar de que su posición natural era la de central), desbancando a sus otros competidores por el puesto; Koikili, Xabi Castillo y Balenziaga. Los aspectos más destacados de la carrera de Malouda en el Lyon, fueron por ejemplo que fue nombrado hombre del partido contra el Real Madrid en la Liga de Campeones de la UEFA y sus objetivos de 10 que llevó a Lyon a su sexto año consecutivo de la obtención de la Ligue 1, durante la temporada 2006-07. Él también ganó el título del Jugador del Año de la Ligue 1 de la temporada, sucediendo a su compañero Juninho, Abdul Kader Keita del Lille OSC, Johan Elmander del Toulouse FC y Seydou Keita del RC Lens para el galardón.
