La intervención del gobierno valenciano como avalista hizo que se nombraran nuevos patronos en la Fundación para tener un mayor control sobre la refinanciación de la deuda. A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, camiseta manchester city 2023 que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones.
