Debido a las bajas por lesión de Thomas Vermaelen y Mikel Arteta, Mertesacker portó la cinta de capitán en el debut del Arsenal en la Premier, partido que acabó con derrota por 3-1 ante el Aston Villa y siguió siendo el capitán del equipo por varias fechas. Desde entonces no volvió a jugar en todo lo que quedó de la temporada.
