Se eliminó en primera ronda al Boldlubben danés, camiseta chelsea 2024 y en octavos al potente Glasgow Rangers logrando ganar en Escocia por 1-3 tras haber empatado 1-1 en Valencia. Se logró eliminar a CSKA de Sofía y al Arges Pitesti, pero en octavos de final cayó con gran polémica arbitral ante el West Bromwich Albion. En esa edición, Cristiano se convertiría en el máximo goleador histórico en una edición de la Champions, con 17 goles.
Un gran Manchester United F. C. derrotó a los rojiblancos con un claro 3-0, chelsea equipacion cayendo así eliminados en los cuartos de final. Bajo los términos de este acuerdo el Chelsea acordó pagar el Manchester United 12 millones de euros, la mitad pagado a la finalización del contrato y la otra mitad en junio de 2007, y el Lyn Oslo 4 millones de euros, la mitad por pagar de inmediato y la otra mitad en junio de 2007. Como resultado de este acuerdo, todas las reclamaciones en esta materia fueron retiradas.
